Die historische Entwicklung von Eberndorf- von der Frühgeschichte bis in die nahe Gegenwart - wurde anlässlich des 40-Jahr-Jubiläums der Erhebung zur Marktgemeinde in einem Buch unter dem Titel "Marktgemeinde Eberndorf- einst und heute", welches 1992 erschienen ist, publiziert. Dabei wurden das kulturelle, gesellschaftliche und politische Umfeld in den Mittelpunkt gestellt.
Wenn es im Jauntal auch Funde aus der Steinzeit gibt und westlich von Eberndorf, auf der Gracarca, ein prähistorischer Siedlungsnachweis vorhanden ist, so stammen die ersten deutlichen Spuren menschlicher Besiedlungen auf dem Gemeindegebiet aus der Römerzeit. Funde römischer Grabsteine in Köcking oder ein Brandgrab aus dem Ende des 1. Jhdt. n. Chr. weisen daraufhin. Wohl aus der Zeit der Völkerwanderung stammt die bisher nicht näher untersuchte "Gotenschanze" bei Gösselsdorf.
Nachdem das Gebiet südlich der Drau seit 811 von Aquileja aus zum Christentum bekehrt wurde, findet Eberndorf im Jahre 1106 mit der Errichtung des Stiftes erstmals urkundliche Erwähnung. Im Zusammenhang mit der Ausstattung des Stiftes mit Gütern werden die Orte Gablern, Köcking und Pribelsdorf ebenfalls erstmals erwähnt. Die Orte Gösselsdorf und Mökriach scheinen bereits zwischen 995 und 1005 bzw. 1050 und 1065 in Urkunden Bischof Albuins von Brixen auf.
Das Stift Eberndorf, ursprünglich ein Augustiner-Chorherren-Stift, wurde 1604 den Jesuiten übergeben. Nach deren Ordensauflösung wurde der Besitz von 1773 bis 1809 durch die staatliche Studienherrschaft verwaltet, bis er schließlich in den Besitz der Benediktiner von St. Paul im Lavanttal kam.
Die Bedeutung des Klosters und seine Wirkung auf das ländliche Umfeld spiegelt sich auch in den zahlreichen Sakralbauten auf dem Gemeindegebiet. Mit der Proklamierung der Ortsgemeinde im Jahre 1849 trat die "freie Gemeinde" in den Mittelpunkt der Entwicklung. Jedoch weder das Aufgabengebiet noch der territoriale Umfang der damaligen Gemeinde entspricht den heutigen Gegebenheiten. Sowohl Gablern als auch Kühnsdorf bilden ursprünglich eigene Gemeinden und wurden erst 1864 bzw. 1868 Eberndorf eingegliedert, womit das Gemeindegebiet vorübergehend zum größten Kärntens geworden war.
In der Folge war die im Grenzland liegende Gemeinde durch Abwehrkampf und Weltkriege einem wechselvollen Schicksal ausgesetzt. In den Jahren nach dem Zweiten Weltkrieg wurde trotz erheblicher Schwierigkeiten - wie der Beschlagnahme von Gebäuden durch die Besatzungsmacht und einem Flüchtlingslager, das im Stift untergebracht war - sofort mit der Aufbauarbeit begonnen.
Eberndorf war die erste dörfliche Gemeinde Kärntens, die nach dem Krieg zur Marktgemeinde erhoben wurde. 1960 erhielt die junge Marktgemeinde ein Wappen verliehen.
Die jüngste Geschichte ist durch ständige Weiterentwicklung, Neuerungen und Umgestaltung gekennzeichnet. 1962 mussten anlässlich der Errichtung des Draukraftwerkes Edling die Ortschaften Pirk und einige Bauernhöfe in den angrenzenden Dörfern den Wassermassen preisgegeben werden. Die Schmalspurbahn ("Vike") von Kühnsdorf nach Eisenkappel wurde 1971 endgültig eingestellt.
Von größter Bedeutung war die im Jahre 1962 einsetzende Periode von Schulneubauten in Eberndorf (1962 Landwirtschaftliche Fachschule - geschlossen 2010, 1971 Volksschule. 1978 Hauptschule), Edling (1974 Volksschule - geschlossen 2019) und Kühnsdorf (1962 Volksschule, 1971 Hauptschule).
Innovative und konservative Maßnahmen, wie die Weiterentwicklung des Fremdenverkehrs, die Errichtung von Straßen und Wohnungen, die Erklärung des Gösselsdorfer Sees zum Landschafts-Schutzgebiet (1970) oder des Sablatnigmoores zum Naturschutzgebiet (1979) einerseits sowie die Kanalisierung des Gemeindegebietes, die Sicherung der Wasserqualität durch den Bau einer UV-Entkeimungsanlage bei der gemeindeeigenen Wasserversorgungsanlage (Wackendorfer Quelle), Impulse der heimischen Wirtschaft und die Revitalisierung des Stiftes Eberndorf (seit 1992) andererseits kennzeichnen die Entwicklung von Eberndorf.
Derzeit laufen intensive Verhandlungen für den Erhalt des Verladebahnhofes in Kühnsdorf. Dabei wird Eberndorf von den Gemeinden St. Kanzian am Klopeiner See und der Stadtgemeinde Völkermarkt unterstützt. Der direkte Gleisanschluss an die Hochleistungsbahn hat große Bedeutung für das gesamte Unterland.